很多人将保税仓、保税区、保税仓库等混淆，其实三者在海关监管中属于不同规章制度调整范畴，运作模式及要求存在很大差异。如频繁出现于跨境电商报道中的“保税仓”，通常是指海关特殊监管区域及保税物流中心（B型）内的仓储场所，并非指保税仓库，“保税仓”虽然颇为精准地表达了对跨境电商开展场所的要求，但它不是海关专有名词或术语。有的则误认为设立在综合保税区、保税港区内的仓储场所就是保税仓库，其实两者在海关监管中有严格区分，如在运作主体、场所规模、验收主体、卡口及地磅、查验场地、视频联网、计算机系统等方面均存在不同要求。
保税仓库，是指经海关批准设立的专门存放保税货物及其他未办结海关手续货物的仓库。
按照使用对象不同分为两类：
专门向社会提供保税仓储服务
仅存储供本企业自用的保税货物
此外，保税仓库中专门用来存储具有特定用途或特殊种类商品的称为专用型保税仓库（专用型保税仓库可以是公用型的，也可是自用型的），可分为四大类：
存储原油、航空煤油、植物油等油气液体化工品
是加工贸易企业存储仅限于供应本企业的进口原材料、设备及其零部件的保税仓库
存储为维修外国产品所进口寄售零配件
如存储黄金的专用型保税仓库
一般贸易进口货物要在缴纳税款、清关后，才能进入国内市场流通。而进口货物进境入保税仓库后，可以暂时免交进口关税及进口环节代征税，然后根据需要进口至国内或者复运出境，或者运往其他海关特殊监管区域或保税场所继续进行保税监管。保税仓库货物只有待正式进口时，才缴纳相应税款，且因货物可以“整进零出”：企业根据货物实际出库量而缴纳相应税款，相对于一般贸易进口货物的一次性纳税，极大减少企业资金周转压力；尤其对高货值、税款动辄千万元人民币起步的进口大宗散货（如原油、矿石）而言，保税仓库不但缓解了一次性纳税压力，也为国内分销或转口国外赢得销售洽谈时间，增加贸易灵活度。
一般情况下，进口货物进入保税仓库免于提交许可证（件），如《农产品进口关税配额证》《自动进口许可证》《黄金及黄金制品进出口准许证》等证件。保税仓库货物只有进口至国内时，才提交相关许可证件，这可以为进口商办理许可证（件）或者免税品进口手续赢得时间。
但也有少数进口货物需要在入境环节提供相关证件，如《两用物项和技术进口许可证》（涉及监控化学品、易制毒化学品、放射性同位素等货物）《濒危物种允许进口证明书》（涉及濒危野生动植物种）《合法捕捞产品通关证明》（涉及剑鱼、大眼及蓝鳍金枪鱼、银鲈等鱼类及源自俄罗斯的部分水产品）。
企业可以面向国际、国内两个市场开展采购、分拨、配送业务，且货物还可以在保税状态下在海关特殊监管区域、保税物流中心之间进行自由流转，有助于企业建立面向国际及国内的分拨配送中心。
具体而言，保税仓库货物既可以快速调拨出境，又可以将口岸“搬”到家门口，利用靠近本地制造业或商超的区位优势，通过加工贸易或一般贸易等方式及时配送至国内市场进行生产或消费，确保随时供应。
转口贸易和国际中转是两个概念，前者是指货权转移，后者是指国际航线运输工具换装，两者存在交集。受历史、自然位置、税收优惠等多重因素作用，临近主要国际航线的港口容易形成本地优势工业和特色产业，如青岛港周边的原油、铁矿石、棉花、天然橡胶等，天津港的融资租赁、汽车、航空维修等，舟山港的原油及供船燃料油等。生产及物流要素、资源慢慢聚集后，特色产业会吸引更多的国内、国际（含中转）货物进入，形成互相依赖、促进的良性循环。
在枢纽港附近，保税仓库及国际贸易中间商可以利用处于国际主航线、发达的国内运输网络、暂不缴纳进口税费及免许可证等优势，开展国际转口及中转业务。进口货物进入保税仓库短暂仓储后，择机再出口到临近国家或地区，获得可观的转口利润及仓储、运输、装卸等收入。
随着物流业发展，保税仓库只有从保税仓储堆放、向船舶飞机供油等单一物流模式向流通性简单加工及增值服务、全球采购分拨集拼、供应商管理库存、信息平台、金融服务等高层次转型，才能满足现代物流发展需要。
在保税仓库等海关保税监管场所中，不得进行实质性加工；经海关批准同意后，可以进行流通性简单加工和增值服务。“流通性简单加工和增值服务”是指对货物进行分级分类、分拆分拣、分装、计量、组合包装、打膜、加刷唛码、刷贴标志、改换包装、拼装等辅助性简单作业的总称。这些增值服务为发展集拼配送、国际中转等提供有力支持，如铁矿石进行保税筛矿后，按照需求进口至国内钢厂或者转口日、韩等周边国家。
又称为“分送集报”，即“分批出库、集中报关”，是对保税仓库出库批量少、批次频繁的货物，向海关申请并注明发货流向、频率、合理理由；经同意后，货物可以先出库；待一段合理时期后，根据出货频次及货物价值等把某一时间段内的已经出库货物进行集中报关。海关根据企业资信状况和风险程度决定是否收取保证金。
集中报关将报关手续后置，缩短了通关时间，实现了保税货物随时出库，提升了货物调拨响应速度，使保税仓库“7×24小时”供货成为可能，有效满足VMI管理需要。
保税仓库不得存放国家禁止进境货物，不得存放未经批准的影响公共安全、公共卫生或健康、公共道德或秩序的国家限制进境货物以及其他不得存入保税仓库的货物。
按照保税仓库货物出库时的税款状态，现将货物出库途径分为几类：
（免征关税及进口环节代征税）
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用于国际航行船舶和航空器的航空煤油和燃料油、物料。
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寄售维修保税仓库用于在保修期限内免费维修有关外国产品并符合无代价抵偿货物有关规定的零部件。
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国家规定免税的其他货物，如高校和科研单位进口科研教学用仪器设备。
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运往境外的国际中转或者转口贸易的货物。
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运往境内其他海关特殊监管区域或海关保税监管场所（出口监管仓库除外）货物。
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通过加工贸易方式进入国内的货物。
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通过一般贸易方式进口至国内市场流通的货物。
我国的制造业对原料需求强劲、消费市场庞大、集疏运体系发达等优势，支持保税仓库的功能同各类商品、特色属性不断叠加、融合，催生出众多新兴业态，吸引国内外生产商、贸易商、物流商纷纷设立保税仓库。
如某欧洲酒庄在广州设立葡萄酒保税仓库，根据订单发往东南亚国家，交货期比从欧洲发货缩短20多天，且仓储成本比中国香港、新加坡更有优势。同时，保税仓库也根据国内需求，征税进口后进入国内市场消费。
保税仓库获得上海、大连等期货交易所承认并取得相应资质，成为开展原油、天然橡胶、铁矿石等期货交割仓库。期货交易所规定的保税期货仓储费用是普通保税货物的数倍，对仓库是极大利好；且因保税仓库为期交所认可，其仓储能力及规范化、专业化水平毋庸置疑，成为吸引国内外客户的“金字招牌”。目前，青岛、大连等地原油、铁矿石保税仓库的期货保税交割业务发展势头喜人。
境外艺术品到国内展出，需要办理备案、通关等手续，且交纳保证金，对于单件货值动辄数千万元人民币、合计数十件艺术品、展期以月计量的展会而言，资金及利息负担较重。艺术品保税仓库则可以利用保税优势，不但进出境手续办理便捷，解决企业资金负担，而且库内艺术品多次易主也不需交税，还降低了藏品反复开拆、搬运带来的损伤风险。
因各国铁矿石的矿山开采、运输条件等不同，矿石的平均粒度及品质难以直接满足钢厂要求，钢厂需将不均匀部分筛出后才能投产使用，以降低对设备不良影响，但筛分后的矿石不能全部被利用、造成矿石使用率低。河北等地保税仓库将钢厂的筛分作业前置，开展铁矿石不同粒级筛分的分级分类简单加工，将矿石筛分成符合不同钢厂需求的粒度，提升矿石交付质量和生产效率。同理，有的保税仓库对进口芝麻按照纯色与异色进行分拣，包装后再出口。
保税仓库依托枢纽机场或港口优势，向国际航行的船舶、飞机供应油料及物料，主要分为两类：
1
存储油料的保税油罐，向本地（或者异地）供应航空煤油或船舶用燃料油。
2
存放可以供应国际航行飞机、船舶物料的自用型或公用型保税仓库，如供应一次性餐碟、果汁、油漆等物资。
以保税燃料油混兑为例，舟山等地保税仓库将不同成分燃料油按照测算比例，在保税油罐中混兑调和成期望成分及标准的燃料油，再供应国际航行船舶，大幅降低船用燃料油供应成本。
寄售维修保税仓库（有的译作Technology Services Station）是为在我国销售的半导体制造、医疗设备、航材等技术要求高、专业性强的高端精密设备的境外生产商，提供保修期内（最长不超过原设备进口之日起3年）的售后服务而设立的保税仓库。维修件由外商免费提供，结合保税仓库集中报关功能，可以先行发货供客户紧急维修使用或借用，替换下的废旧件再退运或放弃。相对于传统的无代价抵偿模式，寄售维修保税仓库具有全天24小时随时发货的巨大优势，满足国外供应商及时提供售后维修服务、配件随时进出库的特殊需求。
保税区，就是在国内规定一个区域，此区域内，货物有关税减免等优惠政策，货物能够自由在境外和此区域内进出，
然后可以将商品放在此区域里面存放加工展览等，只需要给存放管理费，这样有好处，比如A国的商品需要经过我国加工才能成为最终商品，
但是我国民买这个的不多，而这个商品在B国卖的好，那么A国在我国加工好了之后又转到B国，这样就多了进出口的税费，而在保税区内加工就不需要多给税费。
自贸区相比保税区更加开放，比如货币自由兑换等更多的开放政策，而且相比保税区而言，自贸区内进出货物不受海关监管，保税区进出货物受海关监管。
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